Santa Cruz luego anotó el único gol de Paraguay en su derrota por 4-1 frente a Brasil el 5 de junio de 2005. Tres días más tarde, Santa Cruz anotó su tercer gol de la fase de clasificación en la victoria por 4-1 en casa contra Bolivia en Asunción el 8 de junio de 2005. En la décimo sexta jornada de la fase de clasificación, camiseta barça Santa Cruz anotó a los 14 minutos de la victoria por 1-0 ante Argentina en Asunción el 3 de septiembre de 2005. Sus cuatro goles durante la fase de clasificación lo llevaron a un total de 13 goles internacionales para Paraguay.
